Do khu công nghiệp Ninh Thủy nằm trong Khu kinh tế Vân Phong nên các doanh nghiệp vào Khu Công Nghiệp được hưởng các ưu đãi đầu tư cao nhất so với các khu vực khác:

Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) 10% trong 15 năm khi bắt đầu hoạt động kinh doanh; riêng dự án thuộc lĩnh vực công nghệ cao, thuế suất thuế TNDN 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án.

• Miễn thuế TNDN 4 năm từ khi có thu nhập chịu thuế, giảm 50% cho 9 năm tiếp theo.
• Các cơ sở kinh doanh bị lỗ: được chuyển lỗ trừ vào thu nhập chịu thuế, thời gian chuyển lỗ không quá 5 năm.
• Giảm 50% thuế thu nhập cá nhân đối với người có thu nhập cao.
• Miễn thuế nhập khẩu (NK) 5 năm từ khi bắt đầu sản xuất đôi với nguyên liệu sản xuất, vật tư linh kiện và bán thành phẩm trong nước chưa sản xuất được.
• Miễn thuế NK thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải tạo tài sản cố định, phương tiền đưa đón công nhân trong nước chưa sản xuất hoặc sản xuất chưa đáp ứng yêu cầu
• Được hưởng ưu đãi về các loại thuế khác áp dụng đối với địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn.